זמן קצר לאחר רכישת הנקניקיות יש לאחסן אותם במקרר או במקפיא. במידה שתאריך התפוגה לא חלף והשקית עדיין סגורה, ניתן לאחסן אותה במקרר למשך שבועיים. במידה שהשקית פתוחה, ניתן לאחסן את הנקניקיות לשבוע אחד בלבד. לשמירה מרבית על איכות המזון מומלץ להקפיא את הנקניקיות לתקופה של חודש עד חודשיים בלבד. אין להפשיר את הנקניקיות בטמפרטורת החדר ליותר משעתיים.
למרות שהנקניקיות עברו תהליך של בישול, מומלץ לאלו הרגישים במיוחד לזיהומים מן המזון לבשל את הנקניקיות לפני אכילתם.
ליסטריוזיס הוא זיהום שנגרם מאכילת מזון המזוהם בחיידק הליסטריה. החיידק נמצא במערכת העיכול של בני אדם ובעלי חיים, בחלב, באדמה ובירקות עליים ירוקים. לחיידק תכונות ייחודיות המאפשרות לו להתפתח בתנאי קירור של 4 מעלות צלסיוס. החיידק נפוץ במוצרי בשר ודגים המיוצרים בעישון קר, במוצרי חלב שלא עברו פיסטור, או עברו פיסטור חלקי בלבד. סימני המחלה כוללים חום, צמרמורת, כאבי ראש, כאבי בטן ושלשולים. המחלה מתפתחת כ-3 שבועות לאחר אכילת המזון הנגוע. רוב הילדים והמבוגרים לא יפתחו את המחלה. בקבוצת הסיכון לפתח ליסטריוזיס נמצאים נשים הרות, יילודים ואנשים שמערכת החיסון שלהם חלשה. החיידק עלול גם לגרום להפלות. בישול הנקניקיה בטמפרטורה גבוהה מ-70 מעלות צלסיוס, משמידה את החיידק.
